«دیگو» نیز دچار تغییری در وجود خود شده است و حالا که مندی صاحب یک خانواده شده است می‌خواهد او را ترک کند. «سید» فهمیده است که گروه بزودی متلاشی می‌شود و می‌خواهد برای خودش گروهی مستقل تشکیل دهد. او سه تخم دایناسور پیدا می‌کند و تصمیم می‌گیرد سرپرستی جوجه‌ها را به عهده بگیرد. اما بالاخره مادر بچه‌ها آنها را نزد سید پیدا می‌کند و با خود می‌برد. سید هم که حاضر نیست جوجه‌هایش را ترک کند به همراه آنها می‌رود. حالا که سید گمشده است مندی و الی با دیگو که برگشته است به اعماق زمین می‌روند و درمی‌یابند که هنوز دوران دایناسورها تمام نشده است. آنها به رهبری یک راسوی ماجراجو به نام «باک» به دنبال سید می‌روند. در آخر آنها موفق به نجات سید می‌شوند. این درحالیست که همۀ شخصیت‌های داستان به اهمیت خانواده پی می‌برند.
این فیلم همچنین ادامۀ ماجراهای «اسکرت» سنجاب بدشانس و بلوطش را به همراه یک شخصیت جدید دیگر به نام «اسکرتی» دنبال می‌کند.