این داستان در مزرعه‌ای در جنوب سوئد آغاز می‌شود، جایی که نیلز هولگرسان پسری 14 ساله به همراه پدر و مادرش در آنجا زندگی می‌کند. او که بازیگوش و بی‌فکر است نه‌تنها به هیچ‌کدام از هم‌سن و سالان خود احترام نمی‌گذارد، بلکه از اذیت کردن حیوانات بی‌گناه مزرعه نیز لذت می‌برد. پدر و مادر نیلز سعی می‌کنند او را پسر مؤدبی بار بیاورند، اما خودشان نیز در این مورد نا امید شده‌اند! تا اینکه یک روز یک آدمکی بسیار کوچک به طور اتفاقی در خانۀ آنها ظاهر می‌شود. نیلز که هیچ لحظه‌ای را برای آزار موجودات ضعیف از دست نمی‌دهد، آدمک را اسیر می‌کند. آدمکِ جادویی که متوجه می‌شود نیلز از شیطنت و مردم‌آزاری لذت می‌برد، برای تنبیه او را کوچک می‌کند، حتی بسیار کوچکتر از همۀ حیوانات مزرعه! این جادو، بر هَمِستر نیلز، «کروت»، که در آن لحظه در کلاه نیلز بود نیز اثر می‌کند. نیلز که حالا در این اندازه قادر به صحبت کردن و درک زبان حیوانات است، متوجه می‌شود که تمام حیوانات مزرعه از این فرصت استفاده کرده و می‌خواهند از او انتقام بگیرند.
از آن طرف یک دسته غاز وحشی قصد دارند مهاجرت خود را به سمت شمال سوئد آغاز کنند تا تابستان را در آنجا سپری کنند. در این میان یکی از غازهای مزرعه در تلاش است تا خود را به آنها ملحق کند. نیلز و همِسترش نیز خود را به آنها رسانده و در این پرواز با آنها همسفر می‌شوند. پس از مدتی کروت و غازی نیلز را بخشیده و همگی با هم دوست می‌شوند. نیلز ماجراهای زیادی را پشت سر می‌گذراند و همه جا را به دنبال آدمک جادویی برای تبدیل شدن به اندازه اصلی خود می‌گردد و چیزهای زیادی را تجربه کرده و یاد می‌گیرد...
«ماجراهای نیلز» با نام اصلی «ماجراهای شگفت‌انگیز نیلز» The Wonderful Adventures of Nils بر اساس رُمانی به همین نام به قلم نویسندۀ معروف سوئدی، سلما لاگرلوف، برای گروه سنی کودک ساخته شده است. این نویسنده که اولین زن برندۀ جایزه نوبل در ادبیات است، برای نوشتن این کتاب جغرافیای کشور سوئد را مطالعه کرد. سازندگان مجموعۀ انیمیشنی ماجراهای نیلز، غیر از دو شخصیت یعنی همستر نیلز و یک روباه که به داستان اضافه کرده‌اند، کاملاً به متن آن وفادار بوده‌اند.
این مجموعه که محصول مشترک ژاپن و اتریش است در سال 1980 در 52 قسمت 24 دقیقه‌ای برای رده سنی کودک تولید شده است.